Το ανάκτορο της Κνωσού είναι το μεγαλύτερο από τα ανάκτορα της Κρήτης. Γύρω του υπήρχε εκτεταμένη πόλη. Το ανάκτορο ήταν κτισμένο στο χαμηλό λόφο της Κεφάλας στη συμβολή δύο ρευμάτων. Η επιλογή της θέσης και η ανάπτυξη που γνώρισε οφείλονται σε μεγάλο βαθμό στην εύφορη γη της περιοχής και στη μικρή απόσταση από τη θάλασσα.

Ο χώρος πρωτοκατοικήθηκε στη Νεολιθική εποχή (6700-3200 π.Χ.). Ηδη από τότε υπήρχε εκτεταμένος οικισμός.
Το πρώτο ανάκτορο οικοδομήθηκε γύρω στο 1900 π.Χ. (Παλαιοανακτορική περίοδος). Από τα λίγα τμήματα που σώζονται φαίνεται ότι τότε διαμορφώθηκε το βασικό του σχέδιο. Καταστράφηκε γύρω στο 1700 π.Χ και στη θέση του οικοδομήθηκε το νέο ανάκτορο (Νεοανακτορική περίοδος). Με εξαίρεση κάποιες μεταγενέστερες προσθήκες, τα ερείπιά του αποκάλυψε και αποκατέστησε ο A. Evans.

Το ανάκτορο αποτελείται από διαφορετικά κτίρια που αναπτύχθηκαν γύρω από την κεντρική αυλή. Είσοδοι υπήρχαν σε όλες τις κατευθύνσεις, με επισημότερες τη νοτιοδυτική και τη βόρεια. Η δυτική πτέρυγα περιλάμβανε ιερά, επίσημες αίθουσες και εκτεταμάνους αποθηκευτικούς χώρους, ενώ η ανατολική πτέρυγα τα "Βασιλικά Διαμερίσματα" και εργαστήρια. Αποθήκες και άλλοι χώροι υπήρχαν στα βόρεια και νότια.

Το ανάκτορο παρουσίαζε μεγάλη ποικιλία αρχιτεκτονικών στοιχείων: ορόφους με επίπεδες στέγες που στέκονταν σε διαφορετικά ύψη, προσόψεις που εισείχαν και εξείχαν, διακοσμήσεις με λίθινα διπλά κέρατα και εναλλασόμενα χρώματα κ.ά. Χρησιμιποιήθηκε μεγάλη ποικιλία υλικών: πλάκες πράσινου σχιστόλιθου στα δάπεδα, ξύλινοι κίονες, πλάκες από γυψόλιθο σε τοίχους, δάπεδα και αλλού. Τη διακόσμηση των δωματίων συμπλήρωναν πολύχρωμα κονιάματα και τοιχογραφίες.

Το ανάκτορο φαίνεται ότι ήταν το κέντρο της πολιτικής, οικονομικής και θρησκευτικής εξουσίας. Ο ρόλος του και οι λειτουργίες των χώρων του είναι θέματα ερμηνείας. Ο κύριος ανασκαφέας του, ο A. Evans, προσπάθησε να ερμηνεύσει τη λειτουργία των χώρων του ανακτόρου και έδωσε ονομασίες που κατά τη γνώμη του περιέγραφαν τη χρήση τους. Στηρίχτηκε στα ευρήματα, στη μυθολογική παράδοση, σε αναλογίες με αρχαίους πολιτισμούς και με την αποχή του. Σήμερα διατηρούνται οι ονομασίες αυτές (π.χ. "Αίθουσα της Βασίλισσας", "Piano Nobile", "Αίθουσα του Θρόνου"), παρόλο που στην πορεία της έρευνας έχουν διατυπωθεί διαφορετικές απόψεις για τη λειτουργία κάποιων χώρων.

Το ανάκτορο της Κνωσού συνέχισε να λειτουργεί μετά το 1450 π.Χ., όταν καταστράφηκαν τα υπόλοιπα ανάκτορα της Κρήτης. Πολλοί ερευνητές πιστεύουν ότι τότε εγκαταστάθηκαν στο ανάκτορο νέοι κάτοικοι από τη Μυκηναϊκή Ελλάδα, λόγω της ανεύρεσης σημαντικότατου αρχείου της Γραμμικής Β' γραφής. Δεν είναι βέβαιο πότε σταμάτησε η λειτουργία του ανακτόρου. Μετά το 1380 π.Χ. πάντως μεγάλο μέρος της παλαιότερης αίγλης του είχε χαθεί.