Η ενετική μονή του Αγίου Φραγκίσκου των Φραγκισκανών φιλοξενεί το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων που άρχισε την λειτουργία του το 1963.
Βρίσκεται στο κέντρο των Χανίων στην παλιά πόλη, στην οδό Χάληδων και στεγάζει την αρχαιολογική συλλογή του νομού Χανίων.
Το κτίριο έχει δεχθεί πολλές επεμβάσεις που έχουν αλλοιώσει στο μεγαλύτερο μέρος του.
Τα κελιά των μοναχών καθώς και άλλα κτίρια ήταν στη νότια πλευρά στη διπλή στοά.

Τα κύρια εκθέματα του Μουσείου στεγάζονται στο καθολικό της μονής και περιλαμβάνουν αντικείμενα που αποτυπώνουν την ιστορία του νομού Χανίων από την νεολιθική εποχή έως την περίοδο της ρωμαιοκρατίας.
Χωρίζονται σε δύο μεγάλες ενότητες με το ανατολικό τμήμα να φιλοξενεί αντικείμενα της ύστερης νεολιθικής εποχής και της χαλκοκρατίας. Στο άλλο τμήμα, το δυτικό, παρουσιάζονται εκθέματα της εποχής του σιδήρου.

Τις συλλογές συμπληρώνουν μινωικά ευρήματα της πόλεως των Χανίων, προϊστορικά ευρήματα από σπήλαια, από τάφους της γεωμετρικής περιόδου, ιστορικών χρόνων από την πόλη των Χανίων και από διάφορες άλλες πόλεις του νομού, μινωικά ευρήματα του νομού Χανίων, νομίσματα, κοσμήματα (προϊστορικών και ιστορικών χρόνων), γλυπτά, επιγραφές, στήλες, ψηφιδωτά κ.ά.

Ακόμη εκτίθενται ψηφιδωτά δάπεδα της Ρωμαιοκρατίας (2ος - 3ος αιώνας μ.Χ) που εικονίζουν σκηνές από το Διονυσιακό κύκλο και επεισόδια του μύθου του Ποσειδώνα και της νύμφης Αμυμώνης.

"Το τούρκικο συντριβάνι που βρίσκονταν στην Πλατεία Ελευθερίου Βενιζέλου στο ενετικό λιμάνι, φυλάσσεται σήμερα στην αυλή του Μουσείου."

Το 2000 δωρήθηκε στο Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων η σημαντική συλλογή Κωνσταντίνου, Μαρίκας και Κυριάκου Μητσοτάκη. Τα εκθέματα αποτελούν το 1/3 της Συλλογής και η παρουσίαση τους ακολουθεί χρονολογική σειρά (τέλος 4ης χιλιετίας π.Χ. - 3ο αι. μ.Χ.).

Εργαστήρια συντήρησης κεραμικής, μεταλλικών αντικειμένων, νομισμάτων, τοιχογραφιών, ψηφιδωτών όπως και το χημικό εργαστήριο που διαθέτει το Μουσείο, φροντίζουν για όλες τις απαραίτητες εργασίες συντήρησης και ανάδειξης των ευρημάτων.

Δίπλα από την κύρια είσοδο, στο ειδικά διαμορφωμένο κωδωνοστάσιο, υπάρχει το εκθετήριο - πωλητήριο του Ταμείου Αρχαιολογικών Πόρων για την εξυπηρέτηση των επισκεπτών


Αίθουσες Μητσοτάκη

Αίθουσα 1: Εκτίθενται πήλινα αγγεία από διάφορες περιοχές της Κρήτης της τελικής Νεολιθικής ή Υπονεολιθικής περιόδου (3650 - 3500 π.Χ), της προανακτορικής (3650/3500 - 2300/2150 π.Χ.), νεοανακτορικής και κρητομυκηναϊκής περιόδου (1700 - 1070 π.Χ), αντιπροσωπευτικά δείγματα διαφόρων ρυθμών της τοπικής παραγωγής, καθώς και σημαντική συλλογή από μινωικά λίθινα αγγεία και σκεύη. Αίθουσα 2: Εκτίθενται αφιερώματα από μινωικά ιερά κορυφής, δείγματα της μινωικής σφραγιδογλυφίας, της μινωικής χρυσοχοϊας και αγγεία της πρώιμης εποχής του σιδήρου (11ος - 7ος αι. π.Χ.). Αίθουσα 3: Εκτίθενται προϊόντα της μινωικής μεταλλοτεχνίας και varia.