Το μοναστήρι είναι πολύ μεγάλο, με τις λεγόμενες "ζεματίστρες" στις εισόδους του, από όπου έριχναν καυτό λάδι για να αποφύγουν τις επιδρομές των πειρατών και με μία αρχιτεκτονική που θυμίζει περισότερο κάστρο. Στον εξωτερικό χώρο υπάρχουν καλλιέργειες λαχανικών, το νεκροταφείο και ψηλά στο βουνό βρίσκεται το ασκηταριό του Αγ. Αθανασίου.

Η Μονή πιθανολογείται ότι ιδρύθηκε πάνω στο σημείο που ήταν η αρχαία πελασγική πόλη Ακρόθωσι, από τον Αγ. Αθανάσιο τον Αθωνίτη το 963 μ.Χ.

Μπαίνοντας από την κεντρική πύλη, στα αριστερά του θόλου που σχηματίζεται, βρίσκεται μια τοιχογραφία της Παναγίας. Κάποιος αλλόθρησκος την πυροβόλησε με τρεις σφαίρες (τα σημάδια των οποίων φαίνονται). Μια από αυτές εξοστρακίστηκε και τον πέτυχε στην καρδιά. Στο περίβολο υφίσταται το παρεκκλήσιο (ένα από τα 37 της μονής) της Παναγίας της Κουκουζελιώτισσας, όπου και η θαυματουργός εικόνα. Πήρε το όνομα της από τον Αγ. Ιωάννη τον Κουκουζέλη, περίφημος για την ψαλτική του ικανότητα και πρωτοψάλτης των ανακτόρων. Ποθώντας όμως το μοναχικό βίο έφυγε κρυφά και ήρθε στη Μ. Λαύρα με άλλο όνομα για να μη το βρει ο αυτοκράτορας και παριστάνοντας τον αγράμματο και αδαή.
Ανέλαβε, αυτός ο μορφωμένος, ο αξιωματούχος, ο πολλά τιμώμενος, το διακόνημα του βοσκού. Όμως ο αυτοκράτορας που είχε βάλει λυτούς και δεμένους τον ανακάλυψε.

Θαύμασε την ταπεινότητα του και δεν τον ανάγκασε να επιστρέψει στην Κωνσταντινούπολη. Έτσι παρέμεινε στο μοναστήρι όπου έγινε πρωτοψάλτης.
Κατά μία παράδοση, μια μέρα που έψελνε έμπροσθεν της εικόνας, κουράστηκε και νύσταξε. Τότε η Παναγία από την εικόνα μίλησε και του είπε: "Κουράγιο, συνέχισε και εγώ θα σε ανταμείψω." Και του έδωσε ένα χρυσό νόμισμα.

Το καθολικό της μονής είναι αρκετά μεγάλο. Θαυμάσια είναι η βαριά δίφυλλη ξύλινη θύρα που χωρίζει τη λιτή από το κυρίως ναό, δωρεά του Φωκά, λάφυρο του από πολέμους.
Ακόμα ποιό θαυμάσιο είναι το ψηλό περίτεχνο τέμπλο.
Στο διπλανό κολλητό παρεκκλήσι βρίσκεται ο τάφος του Αγ. Αθανασίου, ο οποίος όμως δεν έχει ανοιχτεί ποτέ. Μια φόρα πήγε ένας πατριάρχης Αλεξανδρείας που ευλαβούταν πολύ τον Αγιο να πάρει λείψανο από τον
τάφο του. Μόλις όμως τον άνοιξε, κεραυνοί και αστραπές έβγαιναν από αυτόν. Από τότε κανείς δεν τόλμησε να τον ανοίξει. Το δε 1981 (σχετικά πρόσφατα) που το μοναστήρι
από ιδιόρρυθμο (ο κάθε μοναχός ζούσε όπως ήθελε) άλλαξε
σε κοινοβιακό (υπακοή στον ηγούμενο, κοινή προσευχή, τράπεζα κ.τ.λ.), στις εορτές ενώπιον πολλών προσκυνητών
ο τάφος έβγαζε πολύ μύρο.
Το παρεκκλήσι αυτό, κάποτε ήταν αφιερωμένο στον Αγιο και
το καθολικό στην Παναγία. Όμως, παρουσιάστηκε η Παναγία στον ύπνο του ηγουμένου και τον διέταξε το καθολικό να αφιερωθεί στη μνήμη του Αγίου Αθανασίου στις 5/7, ενώ το παρεκκλήσιο αφιερώθη στους 40 μάρτυρες.,
Η Tράπεζα, βρίσκεται ακριβώς απέναντι από την εκκλησία, παρεμβαλλόμενης της φιάλης και ενός πανύψηλου και παμπάλαιου, όπως φαινόταν από τον κορμό, κυπαρισσιού το οποίο είναι πάνω από 1000 χρονών, καθώς φυτεύτηκε από τον Αγ. Αθανάσιο ο οποίος σκοτώθηκε μαζί με άλλους 6 μοναχούς πέφτοντας από μια σκαλωσιά το 1000 ή το 1001.

Η ακμή της Μονής ξεκίνησε από την ίδρυσή της. Στο τέλος του 10ου αιώνα είχε ήδη εκατόν εξήντα μοναχούς, ενώ τον 11ο αιώνα έφτασε τους επτακόσιους.
Η εποχή "σταθμός" όμως για τη Μονή ήταν ο 14ος αιώνας όπου μόνασαν πολλοί άγιοι πατέρες μεταξύ αυτών και ο Γρηγόριος Παλαμάς.
Ο 15ος αιώνας ήταν μια δύσκολη εποχή αφού δέχτηκε επίθεση από τους πειρατές, υπέστη καταστροφές , με αποτέλεσμα την υιοθέτηση του ιδιορρύθμου τρόπου λειτουργίας προκειμένου να λειτουργεί στοιχειωδώς. Στα τέλη του αιώνα οι μοναχοί κατάφεραν να αποκαταστήσουν τα κατεστραμένα κτίρια και αγιογράφησαν το Καθολικό και τα Παρεκκλήσια του.

Η Μονή αποτελείται από είκοσιένα εσωτερικά παρεκκλήσια, αλλά και πολλά εξωτερικά όπως του Προφήτη Ηλία, Αγίου Γρηγορίου, Αγίας Παρασκευής και Αγιάσματος του Αγίου Αθανασίου καθώς και ο κοιμητηριακός ναός των Αγίων Αποστόλων.
Έχει τρεις Σκήτες, Καθίσματα, αρκετά Κελλιά και Ησυχαστήρια, άλλα συγκεντρωμένα και άλλα διάσπαρτα.
Τα Κελλιά βρίσκονται στις περιοχές Προβάτα , Μορφωνού, Κερασιά, Αγιος Νείλος και στις Καρυές.
Στις Καρυές έχει το αντιπροσωπείο που τιμάται στην Αγία Αννα, οκτώ Κελλιά στα οποία διαμένουν συνολικά 10 μοναχοί, καθώς και τρία οικήματα και αρκετή δασική έκταση. Μέχρι το 1930 υπήρχαν και άλλα Κελλιά της στη θέση της σημερινής πλατείας του Πρωτάτου, μεταξύ των οποίων εκείνο των Εκκλησιαστικών και του Τυπογράφου.
Τα Κελλιά της Μονής αυτής έχουν προσδιορισμένη εδαφική έκταση, είναι εκατοντάδες, πλην όμως τα περισσότερα είναι ερειπωμένα. Από αυτά είναι κατοικήσιμα τα 60 και ήδη κατοικούνται τα 45 με 65 εξαρτηματικούς μοναχούς.

Η Μοναστική δύναμη της Μονής, σύνολο μοναχών και εξαρτηματικών, κυμαίνεται σήμερα στα 320-330 άτομα.

Αξίζει κανείς να επισκευθεί τη Μονή όχι μόνο για να προσκηνήσει ή να θαυμάσει την υπέροχη τοποθεσία, αλλά και για να γνωρίσει από κοντά την ιστορία της. Δείτε από κοντά τις τοιχογραφίες του Θεοφάνη του Κρητός στο καθολικό που ανάγονται στο 1535 και στη Τράπεζα, καθώς και τον τάφο του Αγίου Αθανασίου του Αθωνίτη, επίσης στο καθολικό. Επίσης άξιο θαυμασμού είναι το πλούσιο σκευοφυλάκιο και το εικονοφυλάκιο, η "φιάλη" όπως επίσης και το ιστορικό "βαγεναριό" με τα τεράστια βαρέλια αποθήκευσης κρασιού.