Ο ναός του Αγίου Αχιλλείου κτίζεται στις τελευταίες δεκαετίες του 10ου αι. με έξοδα του τσάρου Σαμουήλ από Λαρισαίους μάστορες. Στη μεταβυζαντινή εποχή επιδέχεται ανακαινήσεις συμπληρωματικού και διακοσμητικού χαρακτήρα.

Ο ναός ανήκε στον τύπο της τρίκλιτης βασιλικής με νάρθηκα και είχε εξαιρετικά μεγάλες διαστάσεις.
Τα κλίτη του χωρίζοταν με ψιλές πεσσοστοιχίες, με δύο σειρές τόξων η κάθε μια.
Επτά είσοδοι οδηγούσαν στον ναό, από τις οποίες πέντε στο νάρθηκα και ανά μία στο βόρειο και νότιο κλίτος. Στην κίγχη του Ιερού σώζεται το σύνθρονο με τον επισκοπικό θρόνο στο κέντρο. Πάνω από το σύνθρονο, διατηρούνται δέκα οκτώ αψίδες ζωγραφισμένες με κόκκινο χρώμα που ανάγονται γύρω στο 1020.
Ανάμεσά τους αναγράφονται οι έδρες των επισκόπων που υπάγονταν στην Αρχιεπισκοπή της Αχρίδας, την οποία ίδρυσε ο βυζαντινός αυτοκράτορας Βασίλειος Β' μετά το 1018.

Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν, από πλευράς μορφολογικής και κατασκευαστικής, τα δύο παραβήματα. Από αυτά, η πρόθεση διατηρεί όλο το ύψος της και τμήμα του τρούλου που τη στέγαζε.

Τέσσερα σφαιρικά τρίγωνα και τέσσερις καμάρες στήριζαν τον τρούλο. Το σύνολο είχε εξαιρετικά ψηλές και λεπτές αναλογίες. Το Ιερό χωριζόταν από τον υπόλοιπο ναό με μαρμάρινο τέμπλο.
Ο ναός θα πρέπει να στεγαζόταν με ξύλινη στέγη. Επρόκειτο για μια κατασκευή καλής ποιότητας, χωρίς ιδιαίτερες διακοσμητικές προθέσεις στην

τοιχοποιία της. Εσωτερικά ο χώρος ήταν διακοσμημένος με τοιχογραφίες 11ου και 12ου αι.
Ελάχιστα τμήματα τοιχογραφιών διατηρούνται σήμερα επί τόπου, ενώ μερικές ακόμα τοιχογραφίες του 12ου αι. που διασώθηκαν και κινδύνευσαν να καταστραφούν αποκολλήθηκαν, συντηρήθηκαν και εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο της Φλώρινας.


Με την ανασκαφική έρευνα των θερινών περιόδων 1996-1998 στα νότια της βασιλικής αποκαλύφθηκαν ένα κοιμητήριο με 160 τάφους μεσοβυζαντινής και υστεροβυζαντινής περιόδου και οι χώροι ενός τριμερούς προσκτίσματος της βασιλικής.
Παράλληλα ήρθαν στο φως στοιχεία για την καταστροφή και εγκατάλειψη της εκκλησίας. Η τυπολογία των τάφων, τα τηρούμενα χριστιανικά ταφικά έθιμα, τα συνοδευτικά κοσμήματα των νεκρών και τα λίγα αργυρά και χάλκινα νομίσματα χρονολογούν την χρήση του κοιμητηρίου από τα μέσα του 12ου έως τα τέλη του 14ου αι., δηλαδή την εποχή ακμής της βυζαντινής Πρέσπας.

Στα τέλη του 14ου αι., με την οθωμανική κατάκτηση και πιθανότατα μετά τον σεισμό, επέρχεται καταστροφή και εγκατάλειψη του ναού. Για τις καθημερινές και όχι τις λειτουργικές ανάγκες κτίζεται το τριμερές πρόσκτισμα, το οποίο με τη σειρά του θα εγκαταλειφθεί σε σύντομο χρονικό διάστημα, όπως φαίνεται από τους τάφους του 15ου αι. που ανοίχθησαν στο πάχος των τοιχών του. Την εποχή αυτή χρονολογείται και η οριστική εγκατάλειψη κάθε χρήσης του χώρου της βασιλικής.

Κατά καιρούς έγιναν διάφορες επεμβάσεις για την στερέωση της υφιστάμενης ανωδομής. Με τις εργασίες του 1997 αντιμετωπίσθηκαν για πρώτη φορά συνολικά τα προβλήματα του μνημείου και με στόχο τη διάσωσή του στη σημερινή μορφή. Επισκευάσθησαν όλες οι τοιχοποιίες, οι οποίες παρουσίαζαν πολλά προβλήματα, λόγω της χρόνιας έκθεσής τους στις καιρικές συνθήκες, ανακτήσθικαν, για στατικούς λόγους, τρία τόξα στην βόρεια πεσσοστοιχία και τα δύο τόξα των εισόδων επικοινωνίας του διακονικού με τον υπόλοιπο ναό και επισκευάσθηκε το δάπεδο στο σύνολό του.